SZCZĘŚLIWY POWRÓT I PONOWNA BUDOWA ZESPOŁU KOŚCIELNO-KLASZTORNEGO
      Dzięki staraniom starosty wschowskiego Hieronima Radomickiego oraz  przy poparciu nuncjusza apostolskiego Antoniego Santacroce  i  biskupa poznańskiego Macieja Łubieńskiego, król Zygmunt III Waza nakazał  w roku 1628 magistratowi miasta Wschowy zwrot całego zagarniętego terenu po  dawnym klasztorze jego prawowitym  właścicielom. W rezultacie bernardyni powrócili do Wschowy w 1629 r. i osiedlili się przy ocalałej kaplicy św. Anny. Wkrótce potem ok. 1638 roku, przystąpiono do budowy nowego kościoła i klasztoru. Dla tej wielkiej sprawy udało się pozyskać hojnego fundatora w osobie Mikołaja Tarnowieckiego, dworzanina możnego rodu Opalińskich. Około 1644 r., ukończono budowę kościoła, który zamierzano pierwotnie poświęcić św. Annie, ale ostatecznie nadano mu wezwanie św. Józefa.  Wybudowany obiekt nosił cechy stylu późnorenesansowego z elementami wczesnego baroku, nawiązywał poprzez zewnętrzne przypory, wewnętrzne smukłe pilastry i laskowania okien do tradycji gotyckich. Choć kronika klasztorna nie przekazała nam nazwiska architekta, to jednak cechy architektoniczne wskazują na Krzysztofa Bonadurę Starszego (ok. 1582 - 1670, wówczas nadwornego architekta i muratora wielkopolskiego rodu Opalińskich . Uroczystej konsekracji nowej świątyni dokonał 25 kwietnia 1652 roku, biskup sufragan poznański Marian Maciej Kurski (1600 - 1681). Biskup ten przed otrzymaniem sakry biskupiej był franciszkaninem - obserwantem.
 

TROSKA O WYPOSAŻENIE KOŚCIOŁA
      Nie wiemy, jak wyglądało  wnętrze pierwszego kościoła. Możemy jedynie przypuszczać, że w skład jego wyposażenia wchodził gotycki krucyfiks, znajdujący się obecnie w kaplicy Krzyża Świętego. Po powrocie, dzięki ofiarności wiernych, zakonnicy mogli zgodnie z wymogami liturgii i własnymi zwyczajami wyposażyć nowo wybudowany kościół. Centralnym miejscem jest ołtarz główny  ze stallami, w których zakonnicy odmawiali brewiarz. W zbudowanym w 1639 roku prezbiterium kościoła pierwszy ołtarz ufundowali ze składek członkowie bractwa świętej Anny. Z tym faktem, być może, wiąże się zdarzenie, iż pierwotnie kościół miał być pod jej wezwaniem. Jednakże w związku z konsekracją kościoła  w 1652 r., spotkać się można z informacją, że konsekrowano również ołtarz główny, ufundowany przez Ludwika Krzyckiego, co znaczyłoby, że pierwotny, prawdopodobnie zbyt skromny ołtarz został zmieniony. w niecałe sto lat później w 1746 roku stary ołtarz zastąpiono nowym, do którego obraz przedstawiający zdjęcie z krzyża namalował (jak głosi umieszczony na nim napis) artysta zakonny br. Walenty Żebrowski. Wzdłuż ścian prezbiterium umieszczono stalle, a w 1771 r., do całości dokomponowano ozdobną balustradę. Natomiast informacja o bocznych ołtarzach pojawia się dopiero w latach osiemdziesiątych XVII wieku. I tak za gwardianatu o. Mikołaja Gieryka w 1683 r., z ofiar dobrodziejów sprawiono ołtarze św. Anny i Niepokalanego Poczęcia NMP, w 1688 r., za gwardianatu o. Rafała Posselta wybudowano dalsze ołtarze ku czci św. Franciszka i św. Antoniego. Z czasem przybył ołtarz poświęcony patronowi kościoła św. Józefowi oraz ufundowany w 1743 przez Jana Tworzańskiego ołtarz św. Jana Nepomucena. Wszystkie te ołtarze przetrwały prawie do końca XVIII wieku, kiedy to w latach 1789-1795 za rządów gwardianów Jana Nepomucena Modlibowskiego i Hilariona Czyżewskiego w miejsce starych postawiono nowe ołtarze, wykonane przez rawickiego snycerza Antoniego Szulca. I tak ołtarze św. Franciszka i św. Antoniego wybudowano w 1789 r., św. Anny i Niepokalanego Poczęcia NMP w 1793 r., św. Józefa i św. Jana Nepomucena w 1795 roku. Z wyposażenia wnętrza na uwagę zasługuje pięknie zdobiona ambona z 1712 r., oraz organy. Zapewne już istniały wcześniej organy, informacja z 1752 roku mówi bowiem o wymianie starych organów na nowe, których koszt wynosił 4200 tynfów. W roku 1766 dodano do nich ozdobny prospekt organowy z rzeźbami muzykujących aniołków i herbem Wschowy. Piękna polichromia kościoła została ukończona w 1746 roku za czasów gwardiana o. Franciszka Święcickiego.

LIKWIDACJA KLASZTORU I LATA ZABORU PRUSKIEGO
      Kres istnieniu konwentu wschowskiego położyła kasata, przeprowadzona przez zaborcę pruskiego w 1828 r. Ostatnim gwardianem był o. Cherubin Maciejowski, który zmarł 17 XII 1827 roku. Po jego śmierci pozostał w klasztorze tylko brat zakonny Maciej Cieszyński. Próby utrzymania klasztoru, czynione przez ówczesnego komisarza o. Juliana Fujarskiego nie powiodła się, mimo poparcia ze strony magistratu wschowskiego i obywateli miasta. Dnia 6 I 1828 r. kościół i klasztor został przekazany dziekanowi wschowskiemu, ten zaś po zabezpieczeniu kosztowności kościelnych zlecił troskę o budowle magistratowi miasta. Po kasacie kościół pozostał pusty. Miał on być przekazany ewangelickiej gminie Nowego Miasta w zamian za jej spalony kościół. Ponieważ gmina protestancka tę propozycję odrzuciła, dekretem królewskim w 1835 roku przekazano cały obiekt parafii katolickiej.

POWRÓT FRANCISZKANÓW PO 117 LATACH NIEOBECNOŚCI
      Po drugiej wojnie światowej, kiedy Wschowa powróciła do Polski po 117 latach oderwania, kościół i klasztor znowu wróciły do rąk zakonu, placówka została przejęta przez Prowincję Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Pierwsze nabożeństwo zostało odprawione 23 IX 1945 r. Pierwszym gwardianem i odnowicielem życia zakonnego był o. Tytus M. Semkło OFM. W latach 1967-70 otynkowano wieżę kościelną, w latach 1970-72 odnowiono wnętrze świątyni ze szczególnym uwzględnieniem polichromii na sklepieniu, w 1977 r. rozpoczęły się prace nad rewaloryzacją KLASZTORU WSCHOWSKIEGO. Budynek klasztorny zmodrnizowano po przez przebudowę ciągów komunikacyjnych, pomieszczeń mieszkalnych i sanitariatów, refektarza (jadalni klasztornej) i adaptowano kondygnację strychową na pomieszczenia mieszkalne. Drobne prace remontowe w klasztorze i prace konserwatorskie w kościele trwają jeszcze do dziś. Wschowski Konwent Franciszkanów od roku 1991 wchodzi w skład, Prowincji Zakonu Braci Mniejszych Świętego Franciszka z Asyżu, która ma swoją siedzibę w Poznaniu.