Przechodzimy ponownie przez środek kościoła, by móc objąć wzrokiem wykonaną w 1746 roku przez malarza głogowskiego Ernsta Engelfeldnera polichromię na sklepieniu nawy głównej.  

Środkowa część sklepienia
     Cały środek sklepienia wypełnia scena z patronem kościoła św. Józefem i jego oblubienicą Maryją, których otaczają igrające putta i chóry aniołów, spoczywających na obłokach. Nad łowami  głównych postaci sceny, na wijącej się wstędze umieszczono łaciński napis. W tłumaczeniu brzmi on następująco: Maryja zaślubiona Józefowi.

Strona lewa od wejścia
     W lunecie nad zamurowanym oknem scena przedstawia jeden z cudów św. Antoniego: pewna chorująca na raka mahometanka, słysząc o licznych cudach dokonanych za pośrednictwem św. Antoniego, przyrzeka, że przyjmie wiarę chrześcijańską, o ile Święty ją uzdrowi. Św. Antoni przychodzi cudownie do łoża chorej, która rano wstaje zupełnie zdrowa. Uzdrowiona przyjmuje chrzest w Hiszpanii.
     W polu między lunetami grupa modlących się franciszkanów: ze sztandarem św. Jan Kapistran(1456), zakonnik z paletą i pędzlami to, być może, uwieczniony przez kolegę malarza współautor polichromii brat Walenty Żebrowski.
     W kolejnej lunecie przedstawiony jest inny cud św. Antoniego. W hiszpańskim mieście Oviedo żyła samotnie, cierpiąc biedę, kobieta, której mąż wyjechał do Ameryki. Wielokrotnie pisała do męża listy z prośbą o wsparcie, ale do niego te nie dochodziły. Wpadła zatem na pomysł, by włożyć list w ręce stojącej w kościele figury św. Antoniego z prośbą, by dostarczył go mężowi. Następnego dnia, widząc tkwiący dalej w ręce Świętego list, sięgnęła po niego, i jakie było jej zdziwienie, gdy znalazła w nim większą sumę pieniędzy i list od męża, w którym pisał, że pierwszy list dostarczył mu jakiś pobożny franciszkanin. Scena przedstawiona na fresku jest reinterpretacją tej historii.
     Na następnym polu umieszczono święte dziewice męczennice siedzące z palmami w ręku. Można łatwo zidentyfikować po atrybutach św. Rozalię z wieńcem róż, św. Małgorzatę, św. Barbarę z wieżą, św. Katarzynę z fragmentem koła i Apolonię z obcęgami, oraz św. Agnieszkę z barankiem.
     Na następnej lunecie przedstawiono scenę z życia kanonizowanego w 1729 r. św. Jana Nepomucena (+1393). Scena przedstawia spowiedź królowej Zofii. Za odmowę wyjawienia tajemnicy spowiedzi z rozkazu króla Wacława IV Święty jest uwięziony, torturowany, a następnie utopiony w Wełtawie.
     Posuwając się dalej, widzimy grupę postacie Starego Testamentu m.in. proroka Eliasza z krukiem i króla Dawida z harfą. W ostatniej  z lunet przedstawiony jest św. Jan Nepomucen, unoszący się do nieba.

Strona prawa od wejścia
     W lunecie nad ołtarzem św. Antoniego przedstawiony jest św. Franciszek, otrzymujący w 1223 r., w pustelni Fontecolombo, na wzgórzu, niczym nowy Mojżesz z nieba, Regułę dla swego Zakonu Braci Mniejszych.
Kolejny fresk między lunetami przedstawia 12 apostołów, wśród których z łatwością rozpoznajemy św. Piotra z kluczami, św. Macieja z toporem, św. Mateusz z księgo, św. Jana z kielichem, św. Bartłomieja z włócznią i św. Andrzeja z krzyżem.
     W kolejnej lunecie przedstawiony został patron kościoła św. Józef, któremu anioł objawia, że nie ma się obawiać przyjęcia swej małżonki Maryi do siebie, gdyż to, co się z niej poczęło, jest z Duchu Świętego.
     W polu między lunetami widzimy grupę męczenników, wśród których rozpoznajemy postacie: św. Dionizego z własną głową trzymaną w rękach, św. Sebastiana ze strzałą, św. Szczepana z kamieniem, św. Wawrzyńca z kratą i św. Jerzego w zbroi rycerskiej i smokiem u stóp.
     Dalej w następnej lunecie , widzimy scenę przedstawiającą otrzymanie 1 1216 r., przez Franciszka w sposób cudowny szczególnego odpustu (związanego z kolebką zakonu, znajdującym się w pobliżu Asyżu kościółkiem Matki Boskiej Anielskiej, zwanym Porcjunkulą), aby "wszyscy, którzy będą się tam modlili, mogli uzyskać odpust zupełny".
     Kolejne pole wypełniają święci zakonodawcy: św. Benedykt z kubkiem w ręku, św. Dominik z różańcem, św. Ignacy Loyola, w białym habicie św. Bernard z Clairvaux i św. Wincenty à Paulo.
     Ostatnia z lunet nad chórem przedstawia scenę stygmatyzacji św. Franciszka na górze Alwerni w dniu 17 września 1224 r.

Polichromia na sklepieniu Prezbiterium

          Teraz podejdziemy do prezbiterium i unosząc głowę do góry, podziwiać będziemy pokryte  freskami w 1746 roku sklepienie prezbiterium. Wykonawcami tego dzieła byli dwaj bracia zakonni: Walenty Żebrowski i Liberiusz Staniszewski. malowidło przedstawia Trójcę Świętą otoczoną przez chóry aniołów i świętych, którzy śpiewają radośnie  "Sanctus" - "Święty". trzy boskie postacie :  BÓG OJCIEC- przedstawiony jest jako starzec z berłem w ręku, siedzący po jego prawicy z ręką opartą na globie ziemskim -  SYN BOŻY z krzyżem oraz DUCH ŚWIĘTY w postaci GOŁĘBICY w aureoli promieni, tworzą zamknięta w trójkącie kompozycję. Dookoła chóry aniołów otaczają Trójcę Świętą. Po stronie wschodniej artysta umieścił orkiestrę anielską. Po przeciwnej stronie, przy łuku tęczowym dwa anioły : jeden z nich (po lewej) trzyma oko Opatrzności Bożej, drugi (po prawej) ucho Opatrzności. Między lunetami z jednej strony grupa świętych Dziewic z wieńcami zwycięstwa na skroniach, po drugiej - siedmiu archaniołów z otwartymi księgami na kolanach. Wijące się na d obiema grupami wstęgi wyjaśniają, że wszyscy śpiewają na chwałę Bożą uroczyste "SANCTUS". Aniołowie umieszczeni w lunetach reprezentują siedem spośród dziewięciu chórów anielskich w niebie.

malowidła na ścianach kościoła

          Spoglądając z perspektywy nawy w stronę prezbiterium, skierujemy nasze spojrzenie na łuk tęczowy, w centrum którego widzimy adorowaną i podtrzymywaną przez aniołki tondę ze słowami : "Sanctus, sanctus, sanctus" oraz umieszczone u podstawy łuku postacie św. Franciszka (po lewej) i św. Antoniego. Freski na ścianach bocznych i ścianie chóru organowego zostały wykonane przez brata Walentego Żebrowskiego i Liberiusza Staniszewskiego. Na ścianie zachodniej, nad chórem usytuowano trzy sceny w ozdobnych obramieniach: "Adorację Dzieciątka Jezus", "Pokłon Trzech Króli" i "Ucieczkę do Egiptu". Okna wieńczą aniołowie, podtrzymujący rokokowe kartusze z herbami dobrodziejów klasztoru. Uderza też wielość motywów dekoracyjnych! Są między innymi rozety kwiatowe, girlandy kwiatów i liści, bogate plecionki. Wspomniane herby szlacheckie dobrodziejów klasztoru to: Sulima, Łodzia, Lubicz.