Krypta została wzniesiona w 1731 roku pod Kaplicą św. Krzyża, w części północno-zachodniej.
Lokalizacja krypty pod kaplicą, w której znajduje się otoczony czcią średniowieczny Krucyfiks, nawiazywała do wczesnochrzescijańskiej tradycji. W tamtych odległych czasach krypty budowano najczęściej nad miejscami świetymi lub grobami męczenników. Krypta we Wschowie była miejscem pochówku braci zakonnych, dobrodziejów i fundatorów wschowskiego klasztoru franciszkanów. W 1732 roku złożono w niej doczesne szczątki piwowara Mateusza Hoffmana. W latach 1734-1827 pochowano w niej wielu zakonników i fundatorów. W okresie prawie 100 lat w krypcie spoczęło blisko 60 zmarłych. Miejsce wiecznego spoczynku znaleźli tu m.in. przedstawiciele takich szaleckich rodów jak: Gurowscy, Nieżychowscy, Wallanowscy, Działyńscy i wielu innych.
          W latach 50-tych ubiegłego wieku przeniesiono do krypty szczatki zakonników pochowanych pierwotnie pod nawą kościoła. Krypta jest pomieszczeniem jednoprzestrzennym o powierzchni około 70 m2 i nakrytym ceglanym sklepieniem z lunetami. Sklepienie pokrywa surowy, pobiałkowany tynk. Północna, zamknięta półkoliście sciana, wykonana jest z cegły, która ręcznie strychyowano w wątku mierzonym i wzbogacono otoczkami. Posadzke ułożono z płyt kamiennych, analogicznie jak w kościele klasztornym. Krypta jest połączona z kruchta kościoła starymi schodami.
          Podczas remontów przeprowadzanych w latach 1995-1997 kryptę przystosowano do sprawowania obrzędów liturgicznych za zmarłych oraz do zwiedzania. Połączono ją z krużgankami nowa klatka schodową. Obniżono poziom posadzki w krypcie, aby wyeksponować dobrze zachowane sarkofagi z poprzednich epok oraz szklane sarkofwgi z widocznymi szczątkami zmarłych. Jednocześnie tak zaarażowane wnętrze ułatwia przejście zwiedzającym. Pojawiła się tu równiez nowa męsa ołtarzowa wraz z przystosowaniem północnej ściany do celów liturgicznych.
          Stylizowana kratę umieszczaono w wejsciu do krypty od strony krużganków oraz umieszcaono w pobliżu metalowe balustrady w celu zabespieczenia odrestaurowanej krypty.